Paefgen studierte ab 1967 Maschinenbau und Wirtschaftswissenschaften an der Universität Karlsruhe "Fridericiana" in Karlsruhe und der RWTH in Aachen. 1976 wurde er an der Fakultät für Maschinenbau der RWTH zum Dr.-Ing. promoviert. Seine Karriere startete er 1976 bei Ford in Köln.
Vier Jahre später wechselte Paefgen zu Audi nach Neckarsulm und verantwortete den Bereich Innenausstattung und Elektrik. Am Firmensitz in Ingolstadt leitete er ab 1987 die Entwicklung Ausstattung und Klimatisierung. 1991 übernahm Paefgen die Leitung Produktplanung und Projektmanagement, im Februar 1994 wurde er kommissarischer Leiter der Technischen Entwicklung.
Von März 1995 bis April 1997 war Paefgen Mitglied des Vorstands der Audi AG für den Geschäftsbereich Technische Entwicklung. Am 1. Januar 1997 übernahm er das Amt des stellvertretenden Vorstandsvorsitzenden der Audi AG und folgte damit Herbert Demel nach. Von Juli 1997 an war Paefgen Sprecher des Audi-Vorstands, ab 1998 bis Februar 2002 Vorstandsvorsitzender der Audi AG. Gleichzeitig fungierte er als Präsident der Automobili Lamborghini SpA.
Von März 2002 bis Februar 2011 übernahm Paefgen die Rolle des Chairman und Chief Executive Officer (CEO) von Bentley Motors Ltd, seit 2007 zusätzlich die des Präsidenten von Bugatti.
2006 wurde Paefgen für sein Engagement für den Rennsport in Le Mans mit dem "Spirit of Le Mans" des Automobile Club de l'Ouest ausgezeichnet. Seit September 2011 koordiniert und repräsentiert Franz-Josef Paefgen die VW Classic-Sparte.
Quellen: PresseDatenBank des Munzinger-Archivs, wikipedia.org